北醫(yī)三院脊柱外科是國(guó)內(nèi)最強(qiáng)的學(xué)科，生殖醫(yī)學(xué)中心的治療方法最全面、規(guī)模是國(guó)際最大之一，中國(guó)大陸首例試管嬰兒在此誕生。運(yùn)動(dòng)醫(yī)學(xué)研究所是新中國(guó)最早成立、國(guó)內(nèi)唯一的中國(guó)奧委會(huì)指定運(yùn)動(dòng)員傷病防治中心。眼科在眼外傷、角膜移植、白內(nèi)障和青光眼等方面處于國(guó)內(nèi)第一方陣；消化科在潰瘍病發(fā)病機(jī)制研究及治療、早期胃癌的診療等領(lǐng)域居國(guó)內(nèi)前列；心血管內(nèi)科在冠心病介入治療、心臟病人康復(fù)治療、心血管臨床與基礎(chǔ)協(xié)調(diào)發(fā)展等方面成績(jī)突出；成形科、職業(yè)病科是國(guó)內(nèi)率先成立的臨床特色學(xué)科。

　　經(jīng)過(guò)幾代人的共同努力，北醫(yī)三院已躋身國(guó)內(nèi)三甲醫(yī)院第一方陣。醫(yī)院擁有20個(gè)國(guó)家臨床重點(diǎn)?？疲汗强?、藥劑科（臨床藥學(xué)）、病理科、?？谱o(hù)理、檢驗(yàn)科、消化科、婦科、產(chǎn)科、職業(yè)病科、耳鼻喉科、心血管分子生物學(xué)與調(diào)節(jié)肽重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、呼吸內(nèi)科、神經(jīng)內(nèi)科、普通外科、泌尿外科、眼科、麻醉科、康復(fù)醫(yī)學(xué)科、成形科（整形外科）、運(yùn)動(dòng)醫(yī)學(xué)科。婦產(chǎn)科為國(guó)家婦產(chǎn)疾病臨床醫(yī)學(xué)研究中心，產(chǎn)科、康復(fù)醫(yī)學(xué)科為國(guó)家產(chǎn)科專業(yè)、國(guó)家康復(fù)醫(yī)學(xué)醫(yī)療質(zhì)量管理和控制中心。