北京婦產(chǎn)醫(yī)院創(chuàng)建于1959年6月，其前身是直屬中央衛(wèi)生部的北京市立婦幼保健實驗院，我國著名婦產(chǎn)科專家林巧稚擔(dān)任醫(yī)院首任院長。1983年被世界衛(wèi)生組織（WHO）批準(zhǔn)為圍產(chǎn)保健研究和培訓(xùn)合作中心，1998年更名為母嬰和婦女保健研究及培訓(xùn)中心，1992年成為我國首批符合國際標(biāo)準(zhǔn)的愛嬰醫(yī)院之一，1994年被首都醫(yī)科大學(xué)批準(zhǔn)為首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京婦產(chǎn)醫(yī)院，同年建立了婦產(chǎn)科學(xué)碩士研究生培養(yǎng)點，2000年成為首都醫(yī)科大學(xué)婦產(chǎn)醫(yī)學(xué)院。2002年6月由北京市政府投資興建的集北京婦產(chǎn)醫(yī)院、北京市婦女保健所、北京市兒童保健所、北京市計劃生育技術(shù)研究指導(dǎo)所功能為一體的東院區(qū)在朝陽區(qū)姚家園路落成。醫(yī)院隨之更名為首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京婦產(chǎn)醫(yī)院北京婦幼保健院。從此為一院兩址。

經(jīng)過62年的建設(shè)，醫(yī)院已從建院當(dāng)年的產(chǎn)科、婦科兩個臨床科室，發(fā)展為有圍產(chǎn)醫(yī)學(xué)部、新生兒科、母胎醫(yī)學(xué)科、產(chǎn)前診斷中心、婦科、婦科微創(chuàng)中心、婦科腫瘤科、計劃生育科、生殖醫(yī)學(xué)科、內(nèi)分泌科、中醫(yī)科、放射科、超聲科、檢驗科、圍產(chǎn)保健管理科、新生兒疾病篩查管理科、婦女保健科等30多個醫(yī)療、醫(yī)技、保健科室的三級甲等婦產(chǎn)專科醫(yī)院。